Newcastle Disease Virus (NDV) dikenal sebagai penyebab penyakit yang sangat menular dan dapat mematikan pada unggas. Virus ini tidak hanya menyerang ayam, tetapi juga unggas air seperti bebek dan angsa yang disebut sebagai reservoir alami virus Newcastle Disease (ND). Organisasi Kesehatan Hewan Dunia (OIE) mencatat ND sebagai ancaman besar bagi industri perunggasan karena tingkat kesakitan dan kematian yang tinggi, persebarannya yang luas di berbagai negara, serta dampak kerugian ekonomi yang signifikan.
Strain NDV diklasifikasikan berdasarkan tingkat keganasannya menjadi velogenic (viscerotropic velogenic dan neurotropic velogenic), mesogenic, dan lentogenic. Laporan kasus ND di berbagai wilayah dunia menunjukkan variasi virulensi, termasuk di Indonesia. Namun, informasi mengenai karakteristik molekuler NDV yang berasal dari itik dinilai masih terbatas, sehingga diperlukan kajian genotip dan filogenetik, khususnya dari itik yang tidak divaksinasi.
Metode identifikasi dan konfirmasi sampel
Dalam penelitian yang dipublikasikan di Veterinary World (2021), sampel yang dikumpulkan terlebih dahulu diidentifikasi menggunakan uji hemaglutinasi (HA) dan kemudian dikonfirmasi dengan uji hemaglutinasi inhibisi (HI). Isolat yang dinyatakan positif melalui uji HI selanjutnya diperiksa menggunakan PCR dan dilanjutkan dengan sekuensing untuk mengetahui susunan nukleotida. Data tersebut digunakan untuk analisis molekuler, termasuk penentuan kekerabatan (filogenetik) dan genotip berdasarkan susunan asam amino.
Hasil uji HA dan HI
Hasil penelitian menunjukkan delapan sampel memberikan hasil positif pada uji HA, yaitu:
- NDV/Duck/B104/19
- NDV/Duck/B125/19
- NDV/Duck/TD19/19
- NDV/Duck/A74/19
- NDV/Duck/M147/19
- NDV/Duck/BK43/19
- NDV/Duck/SBY23/19
- Kontrol positif (LaSota)
Sampel yang positif HA kemudian diuji dengan HI. Pada tahap ini, enam sampel dinyatakan positif, yaitu NDV/Duck/B104/19, NDV/Duck/B125/19, NDV/Duck/TD19/19, NDV/Duck/A74/19, NDV/Duck/M147/19, NDV/Duck/BK43/19, serta kontrol positif (LaSota).
Analisis filogenetik: genotip berbeda pada spesies yang sama
Berdasarkan analisis filogenetik atau kekerabatan, penelitian menemukan bahwa isolat-isolat NDV dari itik tidak berada dalam satu kelompok yang sama. Tiga isolat berhubungan dekat dengan isolat genotip VII, satu isolat termasuk genotip VI, dan dua isolat lainnya termasuk genotip II. Temuan ini menunjukkan bahwa isolat NDV yang berasal dari spesies yang sama dapat memiliki perbedaan kelompok genotip dan tidak selalu membentuk kelompok filogenetik yang seragam.
Cleavage site dan penentuan patotipe
Penelitian juga menilai komposisi cleavage site asam amino pada posisi 112–117. Dua isolat, yakni NDV/Duck/B104/19 dan NDV/Duck/B125/19, memiliki susunan asam amino 112-RRQKRF-117 yang termasuk kelompok patotipe velogenik. Sementara itu, empat isolat lainnya termasuk kelompok strain lentogenik.
Implikasi untuk pengendalian penyakit
Peneliti menyimpulkan bahwa karakterisasi molekuler NDV secara filogenetik dan genotip diperlukan untuk membantu upaya pengendalian penyakit. Secara ringkas, hasil analisis menunjukkan adanya isolat yang berkerabat dengan genotip VII, VI, dan II, serta perbedaan patotipe berdasarkan susunan asam amino, dengan dua isolat tergolong velogenik dan empat isolat tergolong lentogenik.
Rujukan publikasi: Naimah Putri, Rahaju Ernawati, Jola Rahmahani, Suwarno Suwarno, & Fedik Abdul Rantam (2021). Phylogenetic Relationship and Genotype Variation of Six Newcastle Disease Viruses Isolated from Duck in Indonesia. Veterinary World, 14(1). DOI: 10.14202/vetworld.2021.276-284.
